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應用自動識別技術面臨的問題
RFID技術在食品安全追溯應用中面臨的困難
目前在國內已有部分大型企業開始運用RFID技術建立了食品安全追溯體系，但還未完全真正地使用起來，主要面臨著如下困難：
(一）全球統一物品編碼問題及頻段標準問題
世界各國制定了許多RFID標準，但仍缺乏一個有關食品追溯的統一的國際標準，這給食品出口造成了極大的困難。如果物品編碼信息不統一，又或者整個鏈上的頻段不統一，勢必給讀寫、查詢、跟蹤及回溯帶來很大的不便，甚至無法享受到RFID帶來的任何便利。
(二）信息鏈問題
采用RFID標簽可以對食品供應鏈全過程中的產品及其屬性信息、參與方信息等進行有效標識。進行食品跟蹤與追溯要求食品供應鏈中的每一個加工點，不僅要對自己加工生產的產品進行標識，還要采集所加工的食品原料上已有的標識信息，并將其全部信息標識在加工成的產品上，以備下一個加工者或消費者使用。這好比一個環環相扣的鏈條，任何一個環節斷了，整個鏈條就脫節了。而食品行業供應鏈中跨環節之間的聯系比較脆弱，這是實施跟蹤與追溯的最大問題。
(三）成本問題
目前影響RFID的爆發式大規模應用，價格是一個很重要的因素。真的做到單件產品都貼有RFID標簽，勢必要求標簽價格非常低，像現在的條碼一樣。如果成本能做到基本忽略時，大規模的爆發應用也就隨之發生了。
條碼自動識別技術在肉菜追溯應用中面臨的問題
目前，對食品供應鏈安全管理的手段還不是很多，傳統的方法無法實現追溯管理，某些食品行業中用到了條形碼技術以進行安全追溯。但這種方法一般均采用人工方法近距離讀取條碼，無法做到實時快速地獲得大批食品的質量信息，而且在流通環節上也無法提供食品所處環境信息的實時記錄。